百岁宫自建成以来没进行过大的维修，只在90年代末进行过小型维修、翻盖，更换了几处损坏严重构件。由于古代建筑的大木构架承受屋顶的荷载较大，随着时间的流逝，大木构架受各种外来因素的影响，承载能力逐渐减退，当原有荷载和外力超过梁架本身所允许的荷载时，木构架就会出现变形、下沉、倾斜、破损等情况。另外古代木构架多采用榫卯结合，节点较为松弛，年头久了以后，往往会出现脱榫、劈裂、歪闪等现象。由于建成历史较长，受九华山气候潮湿、蚁害、蜂虫等影响，目前后进屋面草架、柱、枋、檩、椽等均出现不同程度的糟朽、歪闪、拔榫、劈裂、折断、弯曲等现象，存在极大的安全隐患，已经严重威胁古建筑的安全。目前第三进天井口小跨度横梁断裂，已经采取临时顶撑处理。

      其存在的主要问题：

      （一）结构问题。

      1.1结构用材充分体现了当时经济状况，大量使用本地松材作为主要结构和承重结构。本地松材主要特性：一是松材含油较高，易于生虫和被白蚁啃食；二是松材易于变形，用作横受力构件时易于弯垂，用作木椽子等小型构件时，受气候条件影响时，其易于变形的特性会导致屋面瓦溜沟、侧翻，从而使屋面漏水；三是松材枝节一般较多，用作草架、檩条等横受力结构时，枝节节疤位置易于折断。

      1.2百岁宫屋架（天花板之上部位）普遍用材较小，其新建时尚能够承受屋面荷载，天长日久之后，随着木材干燥，导致部分横受力构件木材机理减退，难以承受雨雪等重力荷载。

      1.3第三进僧寮天井西侧枋断裂，目前采取临时顶撑；屋面草架桁条用料较小，多处顶撑，木椽子大部分糟朽，粗略统计（难以做到精细统计），木椽子损坏率约为35%左右。

      1.4望板椽子遭朽、屋面瓦破碎等现象。

      1.5北侧最底层受潮严重，楼面板、櫊栅糟朽腐烂。第二进下层承重木梁腐烂。

      （二）外墙问题

      2.1百岁宫外墙全部采用青砖砌筑，当时为节省资金，部分墙体采用重复使用的破旧、断裂的旧青砖砌筑，墙体粘合剂为当地黄泥参合部分石灰，整体强度不够。

      2.2东、北侧部分外墙石灰剥落。

（三）其他病害问题

      3.1气候潮湿的影响。梅雨季节，九华山高温潮湿，相对湿度在90%以上，对木结构建筑形成极大的破坏能力，木结构受潮后，出现霉斑并逐渐腐烂。

      3.2害虫的影响。主要害虫有家白蚁，粉蠹虫等。